La banda surgió en 1995 por iniciativa de su fundador, Pepe Arriols (bajo y voz), quien en la primera mitad de los años 1980 había sido miembro de las bandas punk PBNSK y III Guerra Mundial. La nueva banda comenzó como Skunk y más tarde decidieron añadirle el D.F. y registrar el nombre como Skunk D.F..
En este perído el estilo de la banda estaba influenciada por grupos de nu metal clásico como KoRn o Deftones. Su primer trabajo publicado fue el EP Telebasura (Zero Records) producido por Luis Tárraga (Hamlet) y posteriormente lanzaron su primer álbum Equilibrio (1999) de la mano de Goldtrack Records. Este álbum hizo que fueran reconocidos en Europa, y llegasen a recibir críticas similares a las de Slipknot en diversas revistas especializadas de metal
En 2001 salió a la venta Dentro, licenciado a un sello británico Apocalypse-Snapper llegando a ser distribuido a nivel independiente por casi toda Europa. También tiene su distribución en algún otro país más llegando incluso a Sudáfrica.
En 2003 se publicó el tercer álbum de Skunk DF titulado Neo (Zero Records). Este es el segundo trabajo con esta discográfica. La portada del álbum fue realizada en un concurso en Metal Planet.
En 2005 la banda sacó un cuarto disco titulado El año del dragón (Zero Records), grabado en Cube Estudio y producido por Alberto Seara con un cambio significativo de sonido. En la canción que da nombre al álbum, \"El año del dragón\" hay una colaboraciones de Carlos Escobedo (Sôber, Savia) y Curtonates (Terroristars, ex-Kaothic). Con este disco avanza hacia un sonido más alternativo y experimental.
Posteriormente lanzaron su quinto album Esencia (Zero Records/El diablo) grabado, mezclado y masterizado a principios de 2007 por Alberto Seara en Cube Estudios. Con este nuevo disco graban su videoclip \"Supernova\" y definen totalmente su estilo más próximo a El año del dragón que a sus anteriores trabajos.
El 19 de septiembre de 2009 la banda subió a su MySpace el tema \"Adiós\", que apareció en el álbum El Crisol, publicado en el 9 de octubre de ese mismo año.